巧克力囊肿是子宫内膜异位症一种，主要是因子宫内膜细胞生长在卵巢内，不但会使骨盆腔粘黏，还会破坏卵巢周围正常组织，因而影响排卵功能以及阻塞输卵管；高雄开业诊所暨试管婴儿中心院长郭鸿璋指出，治疗上，多采以腹腔镜手术以有效清除巧克力囊肿。
腹腔镜手术除囊肿 肿瘤复发率高
但手术过程因使用电烧刀止血，容易使止血位置周围的组织遭破坏；郭鸿璋院长说，这时恐会使卵巢体积下降，且月经期间中级滤泡数目减少，因此手术后因卵巢功能下降缘故，不但提高不孕概率，肿瘤复发率更大于六成。
囊肿内容物浓稠 可注食盐水稀释再取
院长郭鸿璋进一说明，其实想降低复发率，建议可采用经阴道超音波卵巢囊肿抽吸手术，透过阴道超音波，以试管婴儿取卵用的长针，不须伤害卵巢组织，就可直接进入卵巢抽取巧克力囊肿的内容物，即使内容物过于浓稠，也可先注入食盐水稀释再抽取，手术时间短，没有伤口，也不需住院。
即使日后巧克力囊肿再复发，也能再透过此手术，患者也不须担心卵巢组织因此被破坏太多；郭鸿璋院长提醒，根据文献报告指出，巧克力囊肿手术后的AMH值会比术前较低，因此建议小于2ng/ml的女性，应尝试接受人工受孕治疗、冻卵等方式，提高怀孕率。
