因应“严重特殊传染性肺炎”流行疫情发展，金门县-1月30日下午15时于“金门县灾害应变中心”召开第3次会议，由指挥官杨镇浯主持，副县长黄怡凯、秘书长陈朝金、卫生局副局长李金治，以及金门防卫指挥部、金门医院、海巡队、民航站、交通部航港局、高雄港务金门分队、财政部关务署等，以及县府一、二级单位人员与会。

首先，杨镇浯县长致词时要求与会单位：防疫如作战，此时此刻，不只中央规定的才去做，各单位应思考业务范围内能做什么，能做的就去做，我们要用最高标准，大家多用心思，想想还有什么没做，老百姓资讯不足、资源有限，我们能多做，让百姓看到-的态度，才能让老百姓更安心，既使多花一点钱，也要去做，才能做好防疫工作，确保乡亲健康。

此外，近日乡亲们对于小三通暂停与否，讨论激烈；更有民众在网络上，针对地区陆籍配偶携子赴陆过节，忧虑他们近期返金恐造成金门疫病防疫冲击一事，有许多激烈的批评，甚至分化对立的措辞，杨镇浯县长也表示高度忧心。

杨镇浯语重心长地说，中央政策调整后，目前陆客几乎已经没办法透过小三通入境，目前能入境的都是台商和陆籍配偶，而且金门陆籍配偶返乡比率应该最高；他能理解乡亲忧虑自己孩子健康心情；但是，即便县府此时断然地暂停小三通，但这些新住民朋友，会因为小三通停航，而让自己的孩子在大陆待半年不上学吗？同样是为人父母，将心比心，他相信新住民朋友们一定也会想方设法透过大三通航机返回台湾，再回金门，这样，县府断然暂停小三通的做法有比较好吗？而且，这些新住民乡亲，有些已经嫁来金门一、二十年以上，他们和我们一样是金门人，一样住在金门，都喜欢这块土地，他们的孩子也是我们“金门的孩子”，希望大家能理性冷静看待此事，切莫因此次疫情，影响乡亲彼此间的和谐、造成金门内部的对立、甚至撕裂族群间的情感，如果因此次事件，付出极大的社会成本，将非常的不值得；他也呼吁，值此时期，乡亲们更应该团结一致，落实防疫作为，一起抵抗共同的敌人—武汉肺炎，才是上上之策。

金门县-表示，各单位会中针对相关议题进行讨论，最后作成以下决议：
1、请县府人事处函文所属单位，同仁近期如有呼吸道疾定症状，身体不适，请在家休息并按规定请假就医。
2、请卫生局与疾病管制署确认“健康关怀”及“自我健康观察”后续监管通报相关作业流程，并确认中、港、澳入境之自主健康管理抽验部分，在港口入境部分(小三通)，本县是否抽离处理。
3、开学前，县府紧急采购之口罩若已到货，尽速发放供师生使用。
4、请观光处正式向中央提案，要求同意提供近期入境旅客相关资料，俾提供社会处、民政处等单位配合办理相关防疫关怀作为。
5、请观光处研议擎天厅、狮山炮阵地等景点暂时停止对外开放。
6、金门医院表示，目前该院以作看诊分流，并呼吁有大陆旅游史，且有感冒症状之民众，不要直接到诊所看诊或到医院门诊，应至该院之户外发烧筛检站就诊，避免病原体于社区散布。
7、原订2 月10日至14日的基层民政座谈会，配合防疫工作，延到第二季办理，时间另订。
8、请与海巡署岸巡单位联系，取得货运及进出港人员相关资料，俾利进行防疫事宜。
9、消防局因载运疑似病人所产生之感染性废弃物，请金门医院于防疫期间暂时协助处理；请环保局统整本县使用频率高之公共厕所，并请相关单位提高清洁消毒频率，俾利防疫作为。
10、有涉及民众洽公之机关单位，请备妥酒精干洗手液，以供使用。
11、请港务处及车船处配合卫生局专业防疫措施，严密落实船(车)务相关人员之场站及小三通船只交通工具之防疫消毒措施，特别是水头旅客通关中心及小三通船只，绝对要做到滴水不漏，才能让乡亲安心。
12、请向中央流行疫情指挥中心反应，应针对离岛地区口罩等防疫物资需求，优先调配运送，也请卫生局联系行政院金马服务中心，就前开事项协助于中央发声。
13、疫情未解除前，大型群聚活动应减少办理，若一定要办理，尽量移到室外办理，或办理过程开门窗通风。
14、请港务处要求小三通航商，务必要求小三通乘船旅客全程配戴口罩，否则不同意入境。