蛋品加工方式有很多种，除了一般在家料理是利用加热使蛋白蛋黄脱水、凝固之外，也可以利用酸、碱、盐的作用来使其变为胶状；皮蛋即是利用碱性物质腌渍来使蛋体凝固的“碱凝固蛋”。
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一般来说，皮蛋的制法可分为以下三种：
1.涂敷法：
属于传统制法，将生石灰、草木灰、苏打等碱性物质及食盐等材料调成泥状，均匀涂抹于鲜蛋表面，再裹上米糠避免蛋与蛋之间互相沾粘，之后放入密封容器内熟成。
2.浸渍法：
为现代常用制法，将氢氧化钠（强碱）与食盐、红茶末等其他材料制成溶液，再将鲜蛋泡入溶液中熟成，经一定时间后取出。
3.混合法：
先使用浸渍法，将鲜蛋泡入药剂溶液中，再使用涂敷法，将此溶液制成泥状涂抹于鲜蛋表面，最后将其放入密封容器内熟成。
因温度与酸碱程度皆对皮蛋制成率有很大的影响，目前多会额外添加重金属物质（如氧化铅、氧化铜等）来使制程安定、提升产品品质。畜试所加工组研究员陈怡兆说明，浸渍液之重金属物质浓度、浸渍时间，以及蛋的品质等因素均会影响残留量。
其实，农委会畜产试验所早在2001年便已成功开发不添加重金属的皮蛋制程，以两阶段的温控处理来提高制成率：第一阶段是在熟成期间，将环境温度控制于20至25°C，放置14天；第二阶段是于取出后再进行加热处理（60至70°C、20分钟），可提高制成率约20%。但陈怡兆说，此种做法的皮蛋，口感、风味均与传统产品有异；对业者而言，多一道加工（加热）程序，就要增加设备及成本，而皮蛋利润并不高，故多数业者在成本考量下仍以传统方式生产。
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至于买回家的皮蛋该如何保存呢？
中华民国养鸭协会理事长陈自成说明，因为冷藏会导致皮蛋脱水、风味改变，光照则会造成皮蛋的蛋白膨胀、使蛋壳破裂，导致皮蛋容易腐坏，所以皮蛋必须保存在常温、通风场所，并避免光照，不须冷藏保存。消费者在选购时，除了可选择CAS或优良皮蛋认证的产品之外，也可注意包装及外壳是否完整。
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